Den øverste embedsmand i kolonien var kommandanten og senere (general-)guvernøren. Titlen ændrede sig igennem tiden og det samme gjorde embedets hovedkvarter – fra St. Thomas til St. Croix og tilbage igen.
Kommandanter for St. Thomas med St. Jan og guvernører (1666-1755 og 1871-1917) for alle tre øer:
| 1666-1666 | Erik Nielsen Smidt |
| 1666-1667 | Jesper Høyer |
| 1672-1680 | Jørgen Iversen Dybbøl |
| 1680-1682 | Nicolaj Esmit |
| 1682-1684 | Adolph Esmit |
| 1684-1686 | Gabriel Milan |
| 1686-1686 | Michel Michelsen |
| 1686-1688 | Christopher Heins |
| 1688-1688 | Adolph Esmit |
| 1688-1688 | Iver Hoppe |
| 1688-1689 | Christopher Heins |
| 1689-1692 | Johan Lorentz |
| 1692-1694 | Frans Delavigne |
| 1694-1702 | Johan Lorentz |
| 1702-1706 | Claus Hansen |
| 1706-1708 | Joachim Melchior von Holten |
| 1708-1710 | Diderich Mogensen |
| 1710-1716 | Michel Knudsen Crone |
| 1716-1724 | Erik Bredal |
| 1724-1724 | Otto Jacob Thambsen |
| 1724-1727 | Frederik Moth |
| 1727-1733 | Henrik Suhm |
| 1733-1736 | Philip Gardelin |
| 1736-1744 | Frederik Moth |
| 1744-1747 | Christian von Schweder |
| 1747-1758 | Christian Suhm |
| 1758-1760 | Harrien Felchenhauer |
| 1760-1764 | John Georg von John |
| 1764-1764 | Ditlev Wildthagen |
| 1764-1765 | Peter Gynthelberg |
| 1765-1766 | Ulrik Wilhelm Roepstorff |
| 1766-1773 | Jens Nielsen Kragh |
| 1773-1773 | Georg Høst |
| 1773-1796 | Thomas de Malleville |
| 1796-1800 | Balthazar Frederik von Mühlenfels |
| 1800-1801 | Casimir Wilhelm von Scholten |
| 1801-1802 | John Clayton Cowell (engelsk oberst) |
| 1802-1803 | Wilhelm von Rømeling |
| 1803-1807 | Casimir Wilhelm von Scholten |
| 1807-1815 | Fitzroy J. Grafton McLean (engelsk general) |
| 1815-1818 | Christian Ludvig von Holten |
| 1818-1820 | Peter von Scholten |
| 1820-1820 | Christian Ludvig von Holten |
| 1820-1820 | Peter von Scholten |
| 1820-1822 | Carl Gottlieb Fleischer |
| 1822-1823 | Carl Wilhelm Jessen |
| 1823-1826 | Peter von Scholten |
| 1826-1829 | Johannes Søbøtker |
| 1829-1830 | Frederik Ludvig Christian Pentz Rosenørn |
| 1830-1830 | Levin Jørgen Rohde |
| 1830-1831 | Frederik Ludvig Christian Pentz Rosenørn |
| 1831-1832 | Levin Jørgen Rohde |
| 1832-1834 | Frederik Ludvig Christian Pentz Rosenørn |
| 1834-1836 | Frederik von Oxholm |
| 1836-1848 | Johannes Søbøtker |
| 1848-1848 | Hans Henrik Berg |
| 1848-1852 | Frederik von Oxholm |
| 1853-1862 | Hans Henrik Berg |
| 1862-1871 | Ingen kommandant på St. Thomas / St. Jan |
| 1871-1871 | Wilhelm Ludvig Birch |
| 1871-1871 | John Christmas |
| 1871-1872 | Frantz Ernst Bille |
| 1872-1872 | Johan August Stakemann |
| 1872-1876 | Janus August Garde |
| 1876-1876 | Carl Anton Frederik Christian Hattensen |
| 1876-1881 | Janus August Garde |
| 1881-1881 | Carl Anton Frederik Christian Hattensen |
| 1881-1884 | Christian Henrik Arendrup |
| 1884-1885 | Peter Mathias Simonsen Andersen |
| 1885-1888 | Christian Henrik Arendrup |
| 1888-1889 | Peter Mathias Simonsen Andersen |
| 1889-1893 | Christian Henrik Arendrup |
| 1893-1903 | Carl Emil Hedemann |
| 1903-1904 | Herman August Jürs |
| 1904-1905 | Frederik T. M. M. Nordlien |
| 1905-1908 | Christian Magdalus Thestrup Cold |
| 1908-1911 | Peter Carl Limpricht |
| 1911-1915 | Lars Christian Helweg-Larsen |
| 1915-1915 | Reimund Baumann |
| 1915-1916 | Lars Christian Helweg-Larsen |
| 1916-1917 | Henri Konow |
Guvernører for St. Croix og generalguvernører/guvernører (1755-1871) for alle tre øer:
| 1734-1736 | Frederik Moth |
| 1736-1744 | Gregers Høeg Nissen |
| 1744-1747 | Paul Lindemark |
| 1747-1751 | Jens Hansen |
| 1751-1755 | Peter Clausen |
| 1755-1766 | Christian Lebrecht von Prøck |
| 1766-1770 | Peter Clausen |
| 1770-1772 | Frederik Moth |
| 1772-1773 | Ulrik Wilhelm Roepstorff |
| 1773-1773 | Heinrich Ludwig Ernst von Schimmelmann |
| 1773-1784 | Peter Clausen |
| 1784-1787 | Heinrich Ludwig Ernst von Schimmelmann |
| 1787-1794 | Ernst Frederik von Walterstorff |
| 1794-1796 | Wilhelm Anton Lindemann |
| 1796-1798 | Thomas de Malleville |
| 1798-1801 | Wilhelm Anton Lindemann |
| 1801-1802 | Francis Fuller (engelsk general) |
| 1802-1803 | Ernst Frederik von Walterstorff |
| 1803-1807 | Balthazar Frederik von Mühlenfels |
| 1807-1807 | Hans Christopher Lilienskjold |
| 1807-1815 | Henry Bowyer (engelsk general) |
| 1815-1816 | Peter Lotharius Oxholm |
| 1816-1816 | Johan Henrik von Stabel |
| 1816-1819 | Adrian Benjamin Bentzon |
| 1819-1820 | Johan Henrik von Stabel |
| 1820-1822 | Carl Adolph Rothe |
| 1822-1827 | Johan Frederik Bardenfleth |
| 1827-1831 | Peter von Scholten |
| 1831-1832 | Johannes Søbøtker |
| 1832-1834 | Peter von Scholten |
| 1834-1835 | Johannes Søbøtker |
| 1835-1848 | Peter von Scholten |
| 1848-1848 | Frederik von Oxholm |
| 1848-1851 | Peter Hansen |
| 1851-1855 | Hans Ditmar Frederik Feddersen |
| 1855-1860 | Johan Frederik Schlegel |
| 1860-1871 | Wilhelm Ludvig Birch |