Der var politiske forviklinger i Europa, og Danmark kom på kollisionskurs med Storbritannien. Også i Vestindien var der gnidninger, og i marts 1801 besatte englænderne Dansk Vestindien.
Storbritannien ophævede sin besættelse af de tre danske øer i februar 1802. Men konflikten mellem Danmark og Storbritannien fortsatte, og de tre vestindiske øer blev atter besat af englænderne i december 1807. Først i april 1815 genindtog Danmark øerne.
Økonomi og handel under britisk besættelse
Under begge besættelser blev dansk militær og enkelte civile embedsmænd sat under arrest. Men i det store og hele fortsatte administrationen og dagligdagen i kolonien næsten uforandret.
Enkelte ændringer var der dog: Øerne var ikke længere led i et næsten lukket dansk økonomisk kredsløb. De blev i stedet indordnet i den stærkt regulerede britiske krigsøkonomi. Det betød bl.a., at udbyttet af sukkereksporten fra øerne gik til briterne i stedet for til danskerne. Briterne sørgede også for, at den illegale transatlantiske slavehandel straks ophørte fra 1807. På trods af, at forbuddet mod slavehandel var trådt i kraft i 1803, foregik der stadig slavetransporter under dansk flag. Briterne førte også en mere lempelig politik, og antallet af frikulørte voksede kraftigt i løbet af besættelsesårene, især pga. indvandring fra andre britiske øer i Vestindien.
